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フォーマットについて
IPL(IPLab)は、Scanalytics(後にBD Biosciencesに買収)が開発した科学画像フォーマットで、1988年頃に最初にリリースされたIPLab科学画像解析ソフトウェア向けに設計されました。このフォーマットは、生物学および生物医学研究における定量分析に必要な精度とメタデータを備えた顕微鏡および科学イメージングデータの格納を目的としていました。IPLファイルは8ビットおよび16ビット符号なし整数、16ビット符号付き整数、32ビット浮動小数点ピクセル値を含む複数のデータ型をサポートし、蛍光顕微鏡、CCDカメラ、およびその他の科学イメージング機器が生成する広いダイナミックレンジに対応します。このフォーマットはZスタック(試料を通過する焦点シリーズ)、タイムラプスシーケンス、各チャンネルが異なる蛍光プローブからの発光を捉えるマルチチャンネル蛍光取得を含む多次元データセットを扱います。IPLファイルには画像寸法、データ型、プレーン数、空間校正(ピクセル-マイクロメートル変換)、顕微鏡システムからの取得メタデータを含むヘッダーが含まれています。IPLの利点の一つは定量的完全性です。ガンマ補正、圧縮、または色空間変換を適用する写真フォーマットとは異なり、IPLは検出器からの生の線形強度値を保持するため、画像データに対して行われる蛍光強度、光学密度、粒子数の測定が測定されている物理量に直接対応することが保証されます。顕微鏡コミュニティにおける役割もまた実用的な考慮事項です。IPLabは1990年代から2000年代にかけて細胞生物学、神経科学、病理学の研究室で広く使用されており、公開された研究のアーカイブIPLデータセットは科学的に貴重な価値を持ち続けています。IPLファイルはImageJ/FIJI、Bio-Formats、ImageMagickで読み取ることができます。
PFM(Portable Float Map)は、Netpbmフォーマットファミリーのシンプルさを備えたハイダイナミックレンジ画像データの格納を目的として、2001年頃にPaul Debevecが考案した浮動小数点ラスター画像フォーマットです。PFMはPBM/PGM/PPMの哲学 — 最小限のヘッダー、生データ、圧縮なし — を32ビットIEEE浮動小数点サンプルに拡張し、OpenEXRのようなフォーマットのエンコーディングオーバーヘッドやRadiance HDRのRGBEエンコーディングの限られたレンジなしにHDRピクセル値への直接アクセスを提供します。ファイル構造は意図的に最小限です。2文字のマジックナンバー(グレースケール用「Pf」、カラー用「PF」)、次の行に幅と高さ、スケール/エンディアンインジケーター(リトルエンディアンは負、ビッグエンディアンは正で、大きさはスケールファクターを示す)、その後に各ピクセルの生の32ビットfloatデータが続きます。PFMファイルはグレースケールでピクセルあたり1つの浮動小数点、カラーでピクセルあたり3つの浮動小数点(RGB)を格納し、圧縮、アルファチャンネル、メタデータのサポートはありません。このフォーマットはHDRイメージング研究コミュニティから生まれました。Debevecのイメージベースドライティングおよびライトステージキャプチャに関する研究では、研究ツール間で容易に交換できるシンプルで曖昧さのない線形浮動小数点放射輝度値の格納方法が必要とされました。PFMの利点の一つはHDRデータに対する絶対的なシンプルさです。PFMはIEEE浮動小数点をサポートするあらゆる言語でわずか数行のコードで読み書きでき、ライブラリ依存なしに — 研究のプロトタイピングやカスタムツール間の素早いデータ交換に理想的です。コンピュータビジョンおよびコンピュテーショナルフォトグラフィー研究コミュニティでの広範な採用もまた実用的な強みです — オプティカルフローベンチマーク(Middlebury)、深度推定データセット、放射輝度場キャプチャで一般的にPFMが使用されています。このフォーマットはImageMagick、OpenCV、HDR Shop、Luminance HDRでサポートされています。