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フォーマットについて
IPL（IPLab）は、Scanalytics（後にBD Biosciencesに買収）が開発した科学画像フォーマットで、1988年頃に最初にリリースされたIPLab科学画像解析ソフトウェア向けに設計されました。このフォーマットは、生物学および生物医学研究における定量分析に必要な精度とメタデータを備えた顕微鏡および科学イメージングデータの格納を目的としていました。IPLファイルは8ビットおよび16ビット符号なし整数、16ビット符号付き整数、32ビット浮動小数点ピクセル値を含む複数のデータ型をサポートし、蛍光顕微鏡、CCDカメラ、およびその他の科学イメージング機器が生成する広いダイナミックレンジに対応します。このフォーマットはZスタック（試料を通過する焦点シリーズ）、タイムラプスシーケンス、各チャンネルが異なる蛍光プローブからの発光を捉えるマルチチャンネル蛍光取得を含む多次元データセットを扱います。IPLファイルには画像寸法、データ型、プレーン数、空間校正（ピクセル-マイクロメートル変換）、顕微鏡システムからの取得メタデータを含むヘッダーが含まれています。IPLの利点の一つは定量的完全性です。ガンマ補正、圧縮、または色空間変換を適用する写真フォーマットとは異なり、IPLは検出器からの生の線形強度値を保持するため、画像データに対して行われる蛍光強度、光学密度、粒子数の測定が測定されている物理量に直接対応することが保証されます。顕微鏡コミュニティにおける役割もまた実用的な考慮事項です。IPLabは1990年代から2000年代にかけて細胞生物学、神経科学、病理学の研究室で広く使用されており、公開された研究のアーカイブIPLデータセットは科学的に貴重な価値を持ち続けています。IPLファイルはImageJ/FIJI、Bio-Formats、ImageMagickで読み取ることができます。
PNM（Portable Any Map）は、Netpbmファミリー内の包括的な呼称で、3つのクラシックなポータブルマップフォーマットすべてを包含します。PBM（Portable BitMap、モノクロ用）、PGM（Portable GrayMap、グレースケール用）、PPM（Portable PixMap、カラー用）です。1988年にJef PoskanzerがPbmplusツールキットの一部として作成したPNMは、独自のマジックナンバーを持つ独立したフォーマットではなく、3つの基礎フォーマットのいずれかが使用できることを示す集合名です。ソフトウェアがPNMファイルを読み取る際は、マジックナンバー（PBM用のP1/P4、PGM用のP2/P5、PPM用のP3/P6）を検査して適切に処理し、PNMファイルを書き込む際は、画像の内容に基づいて最も適切なサブフォーマットを選択します。この規則により、Netpbm処理パイプラインはツール間で画像を受け渡す際に、ユーザーがどの特定フォーマットが使用されているかを追跡する必要がなくなります — チェーン内のすべてのツールがPNM入力を受け入れ、PNM出力を生成し、実際のフォーマットは自動的に選択されます。Netpbmツールキットは画像操作のための数百のコマンドラインユーティリティを提供します。スケーリング、回転、色調整、合成、フォーマット変換、量子化、分析 — すべてが共通の交換フォーマットとしてPNMを使用して動作します。PNMの利点の一つはパイプライン合成可能性です。NetpbmツールはUnixパイプ（例：pnmflip | pnmscale | ppmquant | ppmtogif）で連鎖でき、シンプルなプリミティブから複雑な画像処理操作を構築できます。Unixの「小さく焦点を絞ったツール」の哲学に従っています。フォーマットファミリーのクロスプラットフォーム可用性と言語サポートもまた強みです — 事実上すべてのプログラミング言語のすべての画像処理ライブラリがPNMバリアントを読み書きできます。PNMファイルはImageMagick、GIMP、およびすべての主要画像ツールでサポートされています。