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フォーマットについて
RLE（Run-Length Encoded）は、Utah RLEフォーマットの文脈では、1983年頃にユタ大学コンピュータサイエンス学部のSpencer W. ThomasがUtah Raster Toolkitの一部として開発したラスター画像ファイルフォーマットを指します。このフォーマットは、同一ピクセル値のシーケンスをカウント値のペアに圧縮するスキャンライン指向のランレングスエンコーディング方式を使用して画像を格納し、大きなソリッドカラー領域を持つ画像 — 当時のコンピュータサイエンス研究で一般的だったコンピュータ生成グラフィックスやレンダリングされたシーンに典型的 — に対して良好な圧縮率を実現します。Utah RLEは1〜255のカラーチャンネル/ピクセルをサポートし、各チャンネル8ビットで、画像寸法、チャンネル数、背景色、オプションのカラーマップを指定するヘッダーを含みます。フォーマットは追加チャンネルとしてアルファチャンネルデータに対応し、空のスキャンライン（背景色と一致するもの）はさらなる圧縮のために完全に省略できます。Utah Raster Toolkitは、RLE画像を操作するためのUnixコマンドラインツール群 — コンポジット、スケーリング、回転、色操作、フォーマット変換などの操作 — を提供し、後にNetpbmやImageMagickに引き継がれるソフトウェアパラダイムを確立しました。利点の一つは、コンピュータグラフィックスにおけるフォーマットの基礎的役割です。Utah Raster Toolkitとそのフォーマットは、Phongシェーディングモデル、Gouraudシェーディング、ティーポットを生み出したのと同じ研究環境から誕生し、初期のコンピュータグラフィックス研究成果の多くがこのフォーマットで保存されました。フォーマットはImageMagick、GIMP、および各種レガシーグラフィックスツールでサポートされています。
IPL（IPLab）は、Scanalytics（後にBD Biosciencesに買収）が開発した科学画像フォーマットで、1988年頃に最初にリリースされたIPLab科学画像解析ソフトウェア向けに設計されました。このフォーマットは、生物学および生物医学研究における定量分析に必要な精度とメタデータを備えた顕微鏡および科学イメージングデータの格納を目的としていました。IPLファイルは8ビットおよび16ビット符号なし整数、16ビット符号付き整数、32ビット浮動小数点ピクセル値を含む複数のデータ型をサポートし、蛍光顕微鏡、CCDカメラ、およびその他の科学イメージング機器が生成する広いダイナミックレンジに対応します。このフォーマットはZスタック（試料を通過する焦点シリーズ）、タイムラプスシーケンス、各チャンネルが異なる蛍光プローブからの発光を捉えるマルチチャンネル蛍光取得を含む多次元データセットを扱います。IPLファイルには画像寸法、データ型、プレーン数、空間校正（ピクセル-マイクロメートル変換）、顕微鏡システムからの取得メタデータを含むヘッダーが含まれています。IPLの利点の一つは定量的完全性です。ガンマ補正、圧縮、または色空間変換を適用する写真フォーマットとは異なり、IPLは検出器からの生の線形強度値を保持するため、画像データに対して行われる蛍光強度、光学密度、粒子数の測定が測定されている物理量に直接対応することが保証されます。顕微鏡コミュニティにおける役割もまた実用的な考慮事項です。IPLabは1990年代から2000年代にかけて細胞生物学、神経科学、病理学の研究室で広く使用されており、公開された研究のアーカイブIPLデータセットは科学的に貴重な価値を持ち続けています。IPLファイルはImageJ/FIJI、Bio-Formats、ImageMagickで読み取ることができます。