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フォーマットについて
TXT（プレーンテキスト）は、最も基本的なデジタルドキュメント形式で、文字コードの連続として書式なしテキストを格納し、文字そのもの以外に埋め込みスタイル、レイアウト指示、メタデータは含まれません。プレーンテキストコンピューティングの基盤は、1963年にAmerican Standards Association（現ANSI）によって公開されたASCII標準に遡り、大文字・小文字のラテン文字、数字、句読点、制御文字を含む128の文字コードを定義しました。現在のプレーンテキストファイルは通常、ASCIIとの後方互換性を維持しながら世界中のほぼすべての文字体系を網羅する可変幅Unicode方式のUTF-8エンコーディングを使用しています。行末はプラットフォームの慣例により異なり — Unix/macOSではLF、WindowsではCR+LF — ですが、ほとんどの現代のツールは両方を透過的に処理します。絶対的な普遍性が一つの利点です — TXTファイルは1960年代のメインフレームから現代のスマートフォンまで、あらゆる特殊ソフトウェアなしで、かつて製造されたすべてのコンピューティングデバイスで作成、読み取り、編集できます。最小限のオーバーヘッドがはもう一つの核心的強みです：プレーンテキストは書式のバゲージをゼロにするため、TXTファイルは設定ファイル、ログ出力、データ交換、ソースコード、スクリプト、コンテンツをプログラムで処理する必要があるあらゆるコンテキストに理想的です。プレーンテキストはCSV、JSON、XML、YAML、Markdownなどの構造化形式の基盤であり、事実上すべてのコマンドラインツールとプログラミング環境の入出力媒体であり続けています。数十年にわたるより豊かな代替手段にもかかわらず、TXTは真に普遍的な唯一のドキュメント形式として存続しています。
IPL（IPLab）は、Scanalytics（後にBD Biosciencesに買収）が開発した科学画像フォーマットで、1988年頃に最初にリリースされたIPLab科学画像解析ソフトウェア向けに設計されました。このフォーマットは、生物学および生物医学研究における定量分析に必要な精度とメタデータを備えた顕微鏡および科学イメージングデータの格納を目的としていました。IPLファイルは8ビットおよび16ビット符号なし整数、16ビット符号付き整数、32ビット浮動小数点ピクセル値を含む複数のデータ型をサポートし、蛍光顕微鏡、CCDカメラ、およびその他の科学イメージング機器が生成する広いダイナミックレンジに対応します。このフォーマットはZスタック（試料を通過する焦点シリーズ）、タイムラプスシーケンス、各チャンネルが異なる蛍光プローブからの発光を捉えるマルチチャンネル蛍光取得を含む多次元データセットを扱います。IPLファイルには画像寸法、データ型、プレーン数、空間校正（ピクセル-マイクロメートル変換）、顕微鏡システムからの取得メタデータを含むヘッダーが含まれています。IPLの利点の一つは定量的完全性です。ガンマ補正、圧縮、または色空間変換を適用する写真フォーマットとは異なり、IPLは検出器からの生の線形強度値を保持するため、画像データに対して行われる蛍光強度、光学密度、粒子数の測定が測定されている物理量に直接対応することが保証されます。顕微鏡コミュニティにおける役割もまた実用的な考慮事項です。IPLabは1990年代から2000年代にかけて細胞生物学、神経科学、病理学の研究室で広く使用されており、公開された研究のアーカイブIPLデータセットは科学的に貴重な価値を持ち続けています。IPLファイルはImageJ/FIJI、Bio-Formats、ImageMagickで読み取ることができます。