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JPEはJPEG（Joint Photographic Experts Group）圧縮画像の代替ファイル拡張子で、.jpgおよび.jpegファイルと機能的に同一です。.jpe拡張子は、3文字のファイル拡張子が標準であった初期のコンピューティング環境（MS-DOSやWindows 3.xなど）で生まれ、一部のアプリケーションが.jpgに加えてJPEG関連の追加拡張子として.jpeを登録しました。JPEファイルは標準的なJPEG圧縮データを含みます。8x8ピクセルブロックを周波数係数に変換し、品質設定に応じて量子化し、ハフマンエントロピー符号化でエンコードする同一のDCTベースのロッシー圧縮です。ファイル構造はJFIFまたはExif仕様に従い、SOIマーカー（0xFFD8）で始まり、アプリケーション固有マーカー（JFIF用のAPP0、Exif用のAPP1）、量子化およびハフマンテーブル定義、エントロピー符号化画像データが続きます。JPEファイルは任意の解像度で8ビットグレースケールおよび24ビットカラー画像をサポートし、埋め込みICCカラープロファイル、デジタルカメラからのExifメタデータ（露出、GPS、レンズデータ）、IPTCキャプション、XMPメタデータを含むことができます。JPEG圧縮アルゴリズムは、高周波数の空間ディテールおよび色差に対する人間の視覚システムの低い感度を利用して — 目が容易に知覚できない情報を破棄することで — その卓越した効率を実現しています。JPEの利点の一つは、MIMEタイプデータベースおよびファイル関連付けテーブルにおける広範な登録であり、メールクライアント、ウェブサーバー、オペレーティングシステムが.jpeファイルをJPEG画像として認識し、正しく処理することを保証します。このフォーマットの普遍的な到達範囲もまた決定的な強みです — JPE/JPEGは過去30年間に製造されたすべての画像対応ソフトウェアおよびハードウェアデバイスでサポートされています。ファイルはすべてのブラウザ、エディター、プログラミングライブラリを含むJPEGを処理するあらゆるツールで処理可能です。
IPL（IPLab）は、Scanalytics（後にBD Biosciencesに買収）が開発した科学画像フォーマットで、1988年頃に最初にリリースされたIPLab科学画像解析ソフトウェア向けに設計されました。このフォーマットは、生物学および生物医学研究における定量分析に必要な精度とメタデータを備えた顕微鏡および科学イメージングデータの格納を目的としていました。IPLファイルは8ビットおよび16ビット符号なし整数、16ビット符号付き整数、32ビット浮動小数点ピクセル値を含む複数のデータ型をサポートし、蛍光顕微鏡、CCDカメラ、およびその他の科学イメージング機器が生成する広いダイナミックレンジに対応します。このフォーマットはZスタック（試料を通過する焦点シリーズ）、タイムラプスシーケンス、各チャンネルが異なる蛍光プローブからの発光を捉えるマルチチャンネル蛍光取得を含む多次元データセットを扱います。IPLファイルには画像寸法、データ型、プレーン数、空間校正（ピクセル-マイクロメートル変換）、顕微鏡システムからの取得メタデータを含むヘッダーが含まれています。IPLの利点の一つは定量的完全性です。ガンマ補正、圧縮、または色空間変換を適用する写真フォーマットとは異なり、IPLは検出器からの生の線形強度値を保持するため、画像データに対して行われる蛍光強度、光学密度、粒子数の測定が測定されている物理量に直接対応することが保証されます。顕微鏡コミュニティにおける役割もまた実用的な考慮事項です。IPLabは1990年代から2000年代にかけて細胞生物学、神経科学、病理学の研究室で広く使用されており、公開された研究のアーカイブIPLデータセットは科学的に貴重な価値を持ち続けています。IPLファイルはImageJ/FIJI、Bio-Formats、ImageMagickで読み取ることができます。