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フォーマットについて
FTSは、Flexible Image Transport System(FITS)のファイル拡張子であり、1981年にDon Wells、Eric Greisen、R.H. Hartenが国立電波天文台で定義し、1982年に国際天文学連合によって承認されて以来、天文学で使用されている標準データフォーマットです。FITSは当初から自己記述型アーカイブフォーマットとして設計されています。各ファイルは、データの次元、座標系、観測パラメータ、来歴を記述するASCIIキーワード-値ペアを含む1つ以上の2880バイトヘッダーブロックで始まり、その後に8/16/32/64ビット整数および32/64ビットIEEE浮動小数点値を含む様々な数値型のデータブロックが続きます。FITSは多次元配列(画像、データキューブ、ハイパーキューブ)、カタログデータ用のバイナリテーブル、ASCIIテーブルをサポートし、複数のヘッダー/データユニット(HDU)が単一ファイル内に共存できます。このフォーマットは、スペクトルキューブ、電波干渉計ビジビリティ、CCDアレイからのマルチエクステンションモザイク画像、時系列測光など、専門的な天文データを扱います。FTSの利点の一つは科学的厳密さです。FITSは、データを物理的に解釈するために必要なすべてのメタデータ — 座標変換(WCS)、測光校正、望遠鏡および機器パラメータ — がファイルとともに保持されることを義務付けており、科学的文脈で汎用画像フォーマットを悩ませるメタデータ喪失問題を解消します。このフォーマットの長寿命と制度的裏付けもまた強みです — 事実上すべての天文台、宇宙望遠鏡(ハッブル、ジェームズ・ウェッブ、チャンドラ)、天文学ソフトウェアパッケージ(DS9、IRAF、Astropy)がFITSを主要データフォーマットとして使用しています。
IPL(IPLab)は、Scanalytics(後にBD Biosciencesに買収)が開発した科学画像フォーマットで、1988年頃に最初にリリースされたIPLab科学画像解析ソフトウェア向けに設計されました。このフォーマットは、生物学および生物医学研究における定量分析に必要な精度とメタデータを備えた顕微鏡および科学イメージングデータの格納を目的としていました。IPLファイルは8ビットおよび16ビット符号なし整数、16ビット符号付き整数、32ビット浮動小数点ピクセル値を含む複数のデータ型をサポートし、蛍光顕微鏡、CCDカメラ、およびその他の科学イメージング機器が生成する広いダイナミックレンジに対応します。このフォーマットはZスタック(試料を通過する焦点シリーズ)、タイムラプスシーケンス、各チャンネルが異なる蛍光プローブからの発光を捉えるマルチチャンネル蛍光取得を含む多次元データセットを扱います。IPLファイルには画像寸法、データ型、プレーン数、空間校正(ピクセル-マイクロメートル変換)、顕微鏡システムからの取得メタデータを含むヘッダーが含まれています。IPLの利点の一つは定量的完全性です。ガンマ補正、圧縮、または色空間変換を適用する写真フォーマットとは異なり、IPLは検出器からの生の線形強度値を保持するため、画像データに対して行われる蛍光強度、光学密度、粒子数の測定が測定されている物理量に直接対応することが保証されます。顕微鏡コミュニティにおける役割もまた実用的な考慮事項です。IPLabは1990年代から2000年代にかけて細胞生物学、神経科学、病理学の研究室で広く使用されており、公開された研究のアーカイブIPLデータセットは科学的に貴重な価値を持ち続けています。IPLファイルはImageJ/FIJI、Bio-Formats、ImageMagickで読み取ることができます。