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Wie man IPL in JBG konvertiert

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Über die Formate

IPL (IPLab) ist ein wissenschaftliches Bildformat, das von Scanalytics (später von BD Biosciences übernommen) für ihre IPLab-Software zur wissenschaftlichen Bildanalyse entwickelt wurde, die erstmals um 1988 erschien. Das Format wurde konzipiert, um Mikroskopie- und wissenschaftliche Bildgebungsdaten mit der Präzision und den Metadaten zu speichern, die für quantitative Analysen in der biologischen und biomedizinischen Forschung benötigt werden. IPL-Dateien unterstützen mehrere Datentypen einschließlich 8-Bit- und 16-Bit-vorzeichenlose Ganzzahlen, 16-Bit-vorzeichenbehaftete Ganzzahlen und 32-Bit-Gleitkomma-Pixelwerte und können die weiten Dynamikbereiche aufnehmen, die von Fluoreszenzmikroskopen, CCD-Kameras und anderen wissenschaftlichen Bildgebungsinstrumenten erzeugt werden. Das Format verarbeitet mehrdimensionale Datensätze einschließlich Z-Stapel (Fokusserien durch eine Probe), Zeitraffersequenzen und Mehrkanal-Fluoreszenzakquisitionen, bei denen jeder Kanal die Emission eines anderen Fluoreszenzfarbstoffs erfasst. IPL-Dateien enthalten einen Header mit Bildabmessungen, Datentyp, Ebenenzahl, räumlicher Kalibrierung (Pixel-zu-Mikrometer-Umrechnung) und Akquisitionsmetadaten vom Mikroskopsystem. Ein Vorteil ist die quantitative Integrität: Im Gegensatz zu fotografischen Formaten, die Gammakorrektur, Komprimierung oder Farbraumtransformationen anwenden, bewahrt IPL die rohen linearen Intensitätswerte vom Detektor und stellt sicher, dass Messungen von Fluoreszenzintensität, optischer Dichte oder Partikelzählungen an den Bilddaten direkt den gemessenen physikalischen Grössen entsprechen. Die Rolle des Formats in der Mikroskopie-Gemeinschaft ist ein weiterer praktischer Aspekt: IPLab war in den 1990er und 2000er Jahren weit verbreitet in der Zellbiologie, Neurowissenschaft und Pathologie, und archivierte IPL-Datensätze aus veröffentlichten Forschungen behalten ihren wissenschaftlichen Wert. IPL-Dateien können von ImageJ/FIJI, Bio-Formats und ImageMagick gelesen werden.
Entwickler: Scanalytics
Erstveröffentlichung: 1988
JBG ist eine Dateierweiterung für Bilder, die mit dem JBIG-Standard (Joint Bi-level Image experts Group) komprimiert wurden, formell ITU-T-Empfehlung T.82, fertiggestellt 1993 als Nachfolger der Group-3- und Group-4-Faxkomprimierungsstandards. JBIG-Komprimierung ist für Bi-Level-Bilder (Schwarz-Weiß) konzipiert, kann aber auch Graustufen- und begrenzt farbige Bilder verarbeiten, indem jede Bitebene separat kodiert wird. Der Algorithmus verwendet eine Form der arithmetischen Kodierung, gesteuert von einem adaptiven Kontextmodell: Für jedes Pixel untersucht der Kodierer eine Vorlage umgebender bereits kodierter Pixel, um eine Wahrscheinlichkeitsschätzung zu erstellen, und speist diese Schätzung dann in einen QM-Kodierer (eine Variante des Q-Kodierers), der eine hocheffiziente binäre Ausgabe erzeugt. JBIG erzielt 20-40% bessere Komprimierung als Group 4 bei typischen Dokumentbildern, wobei die Verbesserung bei halbtonierten Fotografien und Bildern mit gradüllen Dichteübergängen noch größer ist, wo Group 4s einfacher Lauflängenansatz weniger effektiv ist. Der Standard unterstützt progressive Kodierung, bei der zürst eine niedrig aufgelöste Version des Bildes übertragen und progressiv verfeinert wird — nützlich für faxähnliche Anwendungen, bei denen der Empfänger das Bild anzeigen kann, bevor die Vollauflösung-Daten eintreffen. Ein Vorteil ist die überlegene Komprimierung von Dokumenten mit Halbtonbildern: Zeitungen, Zeitschriften und Marketingmaterialien, die Text mit fotografischen Halbtonen mischen, komprimieren mit JBIG dramatisch besser als mit Group 3/4. Die ITU-T-Unterstützung des Standards stellt sicher, dass er weltweit in Dokumentenbildgebungs-Hardware und -Software implementiert ist. JBG-Dateien werden von ImageMagick und verschiedenen Dokumentenbildgebungswerkzeugen unterstützt.
Erstveröffentlichung: 1993